Die Bolter Mühle liegt am süd-östlichen Ufer der Müritz, dem kleinen Meer im Osten Deutschlands, im Herzen der Mecklenburgischen Seenplatte.

Sie befindet sich an der Bolter Schleuse am Bolter Kanal, dem nördlichen Teilstück der Wasserstraße Alte Fahrt.
Die Mühle ist ca. 800 m östlich von Müritz, Strand und Schiffsanleger "Bolter Schleuse" entfernt.

Das Naturschutzgebiet Müritzsteilufer befindet sich 2 km südlich, der Müritz-Nationalpark 2 km nördlich der Bolter Mühle.